So einen kuriosen Bug habe ich noch selten gesehen. Im Flex Builder 3 unter Vista 64 Bit sind die Flex Dialog vom Projekt nicht komplett, d.h. es fehlen UI Element um z.B. den Build Path anzupassen.

Die Lösung ist ganz simpel, aber nicht so einfach zu finden. Es liegt an der Software SetPoint vom Logitech Wireless Keyboard/Maus. Sobald ich diese Applikation über das Tray Icon schliesse sehen die Dialoge wieder wie gewohnt aus.
Komische Sache.....

und wenn Du versuchst mal im Task Manager Task um Task zu beenden und jeweils den Flex Builder neu startest und schaust ob UI korrekt ist? Ist aber klar auch in Verbindung mit 64bit, mit 32bit Vista und SetPoint habe ich kein Problem.
War besonders ärgerlich bei der Arbeit mit einem SVN Server, da ich die Kommentare beim einchecken nicht eintragen konnte...